La géologie du ban communal de Buffard appartient au faisceau de Quingey. La structure est marquée par un anticlinal nord-sud qui est à l'origine du relief de la partie Est du territoire communal ; il s'agit de l'anticlinal du bois de Trémont.
Buffard est installé dans une plaine qui résulte d'un synclinal appelé synclinal de Liesle-Port-Lesney. Ce synclinal est également emprunté par le lit mineur de la Loue et représente les derniers affleurements du Jurassique avant l'ennoiement sous la forêt de Chaux.
Les formations géologiques rencontrées vont des marnes et calcaires du Bajocien au sommet du bois de Peu jusqu'aux marno-calcaires du Kimméridgien, de part et d'autre de la route départementale nº 12.
Plus particulièrement, au niveau du village, il s'agit des calcaires et marnes à Astartes, ensemble à dominante argileuse.
La partie ouest de Buffard voit apparaitre les formations fluviatiles récentes de la Loue ( ou alluvions modernes) qui sont des sables et limons argileux.
Tandis qu'à la bordure Est commencent les calcaires plus francs du Séquanien supérieur
