Natura 2000 est un réseau européen de sites naturels ou semi- naturels ayant une grande valeur patrimoniale, par la faune et la flore exceptionnelles qu'ils contiennent.
La constitution du réseau Natura 2000 a pour objectif de maintenir la diversité biologique des milieux, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales dans une logique de développement durable.
La volonté de mettre en place un réseau européen de sites naturels correspond à un constat : la conservation de la biodiversité ne peut être efficace que si elle prend en compte les besoins des populations animales et végétales, qui ne connaissent pas les frontières administratives entre États. Ces derniers sont chargés de mettre en place le réseau Natura 2000 subsidiairement aux échelles locales.
La Loue abrite de très belles populations de truite autochtone.
Sur la partie basse, des observations annuelles régulières de l'apron, en quantité notable, témoignent de la qualité écologique du site, notamment de Quingey à Arc-et-Senans en passant par Buffard, où la rivière a conservé ses caractéristiques originelles. Ce petit poisson de fond, endémique du bassin du Rhône, affectionne en effet les eaux claires et oxygénées à fond de graviers.
